尚未完全阐明，一般认为和病毒感染有关。证据有：
1.发病前患者常有上呼吸道感染史，发病常随季节变动、且具有一定的流行性。
2.患者血中有病毒抗体存在（抗体的效价高度和病期相一致），最常见的是柯萨奇病毒抗体，其次是腺病毒抗体、流感病毒抗体、腮腺炎病毒抗体等。虽然已有报告，从亚急性甲状腺炎患者的甲状腺组织中分离出腮腺炎病毒，但亚急性甲状腺炎的原因是病毒的确实证据尚未找到。
另外，中国人，日本人的亚急性甲状腺炎与HLA-Bw35有关连，提示对病毒的易感染性具有遗传因素，但也有患者与上述HLA-Bw35无关。
患者如有发热，短期内甲状腺肿大伴单个或多个结节，触之坚硬而显著压痛，临床上可初步拟诊为本病。实验室检查早期血沉增高，白血球正常或减少。血T3，T4增高，而血TSH降低，测摄碘率可降至5％～10％以下。这一特征对诊断本病有重要意义。血甲状腺免疫球蛋白初期也升高，其恢复正常也比甲状腺激素为晚。超声波检查在诊断和判断其活动期时是一个较好的检查方法。超声波显像压痛部位常呈低密度病灶。细胞穿刺或组织活检可证明巨核细胞的存在。
肾上腺糖类皮质激素对本病有显著效果，用药1～2天内发热和甲状腺疼痛往往迅速缓解，一周后甲状腺常显著缩小。开始时可给强的松，每日3、4次，每次10mg，连用1～2周，以后逐步每周递减5mg/d，全程1～2月，停药后，如有复发，可以强的松再治，并可加用甲状腺片剂，尤其有甲减者，每天可用40～120mg，几个月后，渐而停用。镇痛退热如消炎痛等药物，对本病也有效。